La chiesa di Santo Stefano è localizzata nella zona Nord della città di Aosta appena fuori dal perimetro murato di Augusta Praetoria nei pressi dell’antica strada romana che, uscendo dalla Porta Principalis Sinistra, conduceva all’Alpis Poenina (attuale valico del Gran San Bernardo).

Le prime notizie documentali sulla parrocchia di Santo Stefano risalgono al XIII sec. In alcuni documenti medievali l’edificio di culto veniva indicato come “Basilica” forse per la sua particolare posizione all’interno di un’area funeraria di epoca precedente.

La chiesa, comunque, in epoca medievale costituì il punto di aggregazione di una realtà micro-urbana quale appunto il quartiere di Aosta denominato “Il Faubourg de Saint Etienne” o “De La Rive”, dal nome del canale che lo attraversa ancora oggi.

Tale sobborgo fino al 1776, al pari di altri analoghi quartieri, ha rappresentato una vera e propria entità urbano-amministrativa distinta dal resto della città di Aosta.
L’attuale edificio fu costruito sulle strutture murarie di una precedente chiesa del XV sec., a cui si riferisce un’iscrizione posta sull’architrave della porta d’ingresso destra “Hoc opus fecit fieri Jaquemin Pastor” (Jaquemin Pastor fece costruire questo edificio). La chiesa fu ampiamente restaurata nel 1728-29, come risulta dalla convenzione stipulata il 25 aprile 1728 dal parroco Clérin, che fece anche sopraelevare il campanile. Gli affreschi della facciata furono, invece, fatti eseguire dal suo successore Michel-Joseph Rosaire, parroco tra il 1729 e il 1735.