L’église de Saint Stéphane se situe dans la zone nord de la ville d’Aoste, tout juste à l’extérieur des murs d’Augusta Praetoria, près de l’antique voie romaine qui, en sortant de la Porte Principalis Sinistra, conduisait à l’Alpis Poenina (l’actuel passage du Grand-Saint-Bernard).

Les premières informations documentées sur la paroisse de Saint Stéphane datent du XIIIème siècle. Le lieu de culte était indiqué dans certains documents médiévaux comme « basilique », peut-être à cause de sa position particulière dans une aire funéraire d’une époque précédente.

L’église, d’époque médiévale, constitua le point d’agrégation d’un petit centre citadin, c’est-à-dire le quartier d’Aoste appelé « le Faubourg de Saint Etienne » ou « De La Rive », prenant le nom du canal qui le traverse encore de nos jours.

Ce faubourg, comme les autres quartiers analogues, a représenté une véritable entité urbaine et administrative, qui se distinguait du reste de la ville d’Aoste jusqu’en 1776.
Le bâtiment actuel fut construit sur les murs d’une précédente église du XVème siècle, à laquelle se réfère une inscription placée sur l’architrave de la porte d’entrée droite « Hoc opus fecit fieri Jaquemin Pastor » (Jaquemin Pastor fit construire ce bâtiment). L’église fut amplement restaurée en 1728-29, comme l’indique la convention stipulée le 25 avril 1728 par le prêtre Clérin, qui fit également surélever le clocher. Les fresques de la façade furent, en revanche, commandées par son successeur Michel-Joseph Rosaire, prêtre entre 1729 et 1735.