La iglesia Santo Stefano está en la zona norte de la ciudad de Aosta, saliendo apenas del perímetro amurallado de Augusta Praetoria, cerca de la antigua calzada romana que salía de Porta Principalis Sinistra y conducía al Alpis Poenina (actual paso del Gran San Bernardo).

Las primeras documentaciones sobre la parroquia Santo Stefano pertenecen al siglo XIII. En algunos documentos medievales el edificio de culto aparecía indicado como “Basílica”, quizás por su particular posición en un área funeraria de época anterior.

Sin embargo, en el medioevo la iglesia fue un punto de reunión de una realidad microurbana como el barrio de Aosta denominado precisamente “Il Faubourg de Saint Etienne” o “De La Rive”, por el nombre del canal que lo cruza aún hoy.

Al igual que otros barrios, hasta 1776 representó una auténtica entidad urbana administrativa distinta del resto de la ciudad de Aosta.
El edificio actual fue construido sobre las fundaciones de una iglesia anterior, del siglo XV, a la cual alude una inscripción en el arquitrabe de la puerta de entrada derecha, “Hoc opus fecit fieri Jaquemin Pastor” (Jaquemin Pastor hizo construir este edificio). La iglesia fue ampliamente restaurada en 1728-29, según consta en el convenio estipulado el 25 de abril de 1728 por el párroco Clérin, que también hizo sobreelevar el campanario. Los frescos de la fachada fueron realizados por su sucesor, Michel-Joseph Rosaire, párroco de 1729 a 1735.