Die Kirche Santo Stefano befindet sich im nördlichen Gebiet der Stadt Aosta, gleich außerhalb der Stadtmauern von Augusta Praetoria, ganz in der Nähe der antiken römischen Straße, die von der Porta Principalis Sinistra bis nach Alpis Poenina (dem heutigen Pass des Großen Sankt Bernhard) führte.

Die ersten Vermerke über die Pfarrkirche Santo Stefano gehen auf das 13. Jh. zurück. In einigen mittelalterlichen Urkunden wurde die Kultstätte als “Basilika” bezeichnet, vermutlich aufgrund ihrer besonderen Lage im Innern eines Grabstättenbereichs aus vorhergehenden Zeiten.

Die Kirche stellte im Mittelalter einen bedeutenden Ort der Zusammenkunft für die mikro-städtischen Gebiete dar, wie das Viertel Aosta, auch “Il Faubourg de Saint Etienne” oder “De La Rive” genannt, eine Bezeichnung, die von dem Namen des Kanals abgeleitet wurde, der noch heute diese Ortschaft durchquert.

Dieser Vorort stellte bis 1776, zusammen mit anderen gleichgesetzten Vierteln, eine regelrechte städtisch-administrative Einheit dar, die von dem Rest der Stadt Aosta unabhängig war.
Das heutige Bauwerk wurde auf dem Mauerwerk einer früheren Kirche aus dem 15. Jh. errichtet, auf die sich eine Inschrift auf dem Architrav des rechten Eingangportals bezieht: “Hoc opus fecit fieri Jaquemin Pastor” (Jaquemin Pastor ließ dieses Gebäude errichten). Die Kirche wurde 1728-29 vollständig renoviert, wie aus der Vereinbarung hervorgeht, die der Pfarrer Clérin, der unter anderem den Glockenturm aufstocken ließ, am 25. April 1728 unterzeichnete. Die Freskenmalereien der Fassade wurden hingegen von seinem Nachfolger Michel-Joseph Rosaire, Pfarrer von 1729 bis 1735, in Auftrag gegeben.