Dal punto di vista naturalistico il territorio nei dintorni di Pont d’Ael offre un’interessante varietà di flora e fauna. Si tratta infatti di una zona speciale di conservazione, tutelata nell’ambito della rete europea “Natura 2000”.

Attraversato il ponte-acquedotto romano, si trovano praterie aride, terrazzamenti agricoli abbandonati, alternati a radi boschi di roverella e pino silvestre, dove crescono specie vegetali di origine steppica e mediterranea, come l’Achillea tomentosa. Sono inoltre presenti alcune orchidee, tra cui la rara Cephalanthera damasonium.

Riveste un notevole interesse anche la grande quantità di farfalle: oltre all’endemica Polyommatus humedasae ne sono state contate 96 specie diurne.

A monte delle praterie aride si innalzano le pareti rocciose che formano il versante sud-orientale del monte Pognon sulle quali nidificano uccelli rapaci come l’aquila reale e il falco pellegrino.

A valle del villaggio, il torrente Grand’Eyvia crea una forra ombreggiata dalle pareti molto ripide, con condizioni microclimatiche di maggiore umidità dove cresce un bosco a prevalenza di tiglio, acero e frassino, assai raro in Valle d’Aosta.