Según la tradición, el monasterio fue fundado en el siglo X, pero los canónigos de San Egidio son mencionados por primera vez en 1050. Es sede de la parroquia, que abarca estructuras realizadas entre los siglos XI y XVIII. El edificio principal, en piedra a la vista, y el campanario mayor fueron edificados en 1512 por el prepósito Carlo de Challant.

La parroquia de San Egidio actual fue construida en 1775 en el lugar donde se erigía la iglesia románica anterior, de la que se conserva sólo un pequeño campanario. En aquella ocasión el conde Francesco Ottavio de Challant permitió unir a las estructuras de la iglesia preexistente la capilla Santi Giorgio e Maurizio, construida en 1407 por iniciativa del caballero Ibleto de Challant como capilla sepulcral de familia. Aún hoy las estructuras de la capilla se identifican claramente desde el exterior por la magnífica trífora de piedra trabajada de la pared orientada al burgo, y desde el interior por las bóvedas góticas vaídas que se han salvado de las intervenciones del siglo XVIII.

El 25 de mayo de 1800, el convento de Verrès acogió a Napoleón durante la noche mientras él y sus tropas descendían del Gran San Bernardo y cruzaban el Valle de Aosta, comenzando su segunda campaña italiana.

Desde diciembre de 2015, los peregrinos que recorren la Via Francigena pueden encontrar hospitalidad en la colegiata en la estructura denominada “La Casa del Pellegrino”.